# LifeScience

**Repository Path**: metax-maca/LifeScience

## Basic Information

- **Project Name**: LifeScience
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-07-21
- **Last Updated**: 2026-07-21

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# LifeScience

本项目汇集了多个可用于**沐曦（MetaX）GPU** 的**人工智能生命科学** 大模型与应用程序。我们专注于提供高性能、易适配的AI解决方案，助力您在生物信息学、蛋白质组学、药物发现等领域的科研与开发工作。

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## 📂 项目结构与说明

本文件夹以**聚合分发**方式提供多个相互独立的开源项目，各项目作为独立程序分别置于各自子目录中，我方仅将其聚合打包传输，并未将其组合为单一作品。各项目分别受其自带许可证约束，您在使用或分发任一项目前，须遵守该项目对应许可证的条款。如各项目内另附有我方提供的Patch文件或适配文件，系针对相应开源项目的修改或组合，此文件的许可证放置于对应文件夹中。

当前包含以下独立子项目：

| 子目录 | 项目简介 | 主要领域 |
| :--- | :--- | :--- |
| **[ProteinBert](https://github.com/MetaX-MACA/LifeScience/tree/main/ProteinBert)** | 基于BERT架构的蛋白质语言模型，可用于蛋白质序列特征提取、功能预测等任务。 | 蛋白质表征学习 |
| **[DeepFRI](https://github.com/MetaX-MACA/LifeScience/tree/main/DeepFRI)** | 结合蛋白质序列和结构信息的深度学习模型，用于基因本体（GO）功能注释。 | 蛋白质功能预测 |
| **[BioT5+](https://github.com/MetaX-MACA/LifeScience/tree/main/BioT5+)** | 面向生物与化学领域的多模态预训练语言模型，统一建模自然语言、蛋白质序列、分子SELFIES和IUPAC名称，并通过多任务指令微调提升泛化能力。 | 生命科学基础模型 |

> 更多模型和应用正在持续适配与添加中，敬请关注。

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## 🚀 支持的AI4S应用/模型列表

以下是目前已适配沐曦GPU并可用于生命科学研究的模型与应用概览：

| 模型/应用名称 | 核心任务 | 关键技术/架构 | 适用场景 |
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| **ProteinBert** | 蛋白质序列表征与功能预测 | BERT、Transformer、预训练语言模型 | 蛋白质属性预测、突变效应分析、序列表示学习 |
| **DeepFRI** | 蛋白质功能注释（GO term预测） | GCN（图卷积网络）、LSTM、蛋白质结构信息（接触图） | 大规模蛋白质功能注释、新发现蛋白质的功能推断 |
| **BioT5+** | 分子理解与生成、反应预测、蛋白质功能理解与设计 | T5编码器-解码器 | 分子描述生成、文本引导分子设计、化学反应预测、蛋白质功能分析与序列设计 |

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## 🔧 环境与依赖

*   **硬件**：需具备沐曦（MetaX）GPU。
*   **基础软件**：Linux操作系统，沐曦GPU运行时环境。
*   **主要依赖**：Python 3.8+，PyTorch（适配沐曦GPU版本），以及各子项目特定的依赖库（详见各子目录下的`requirements.txt`或原开源项目文档）。

具体安装与使用步骤，请参阅各子项目文件夹内的独立指南（如`README.md`或`UserGuide`）。

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## ⚠️ 合规与许可证声明

在使用本仓库中的任何资源前，请仔细阅读并遵守以下声明：

1.  **独立项目**：本仓库中的每个子项目均为独立的开源项目，保留其原有的许可证和版权声明。我方仅提供聚合分发服务，不对这些项目的功能、安全性或合规性做额外担保。
2.  **使用责任**：您有责任理解并遵守每个子项目自带的许可证条款。在使用或分发任何子项目时，请确保完全符合其许可证要求。
3.  **修改与组合**：如子项目内包含由我方提供的Patch文件或适配文件，这些特定文件的许可证将放置于对应的子文件夹中，请在使用时一并遵循。

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## 📝 更新日志

*   **2026-07-13**：初始版本，包含ProteinBert和DeepFRI模型，并提供了基础的用户指南。

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## 🤝 贡献与反馈

欢迎通过GitHub Issues或Pull Requests提出建议、报告问题或贡献新的适配模型。让我们一起推动AI在生命科学领域的革新！

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**感谢您对沐曦GPU生态及AI4S发展的关注与支持！**